Черниговский скит расположен в трех километрах к северо-востоку от Троице-Сергиевой лавры, на северном берегу восточного залива верхнего Скитского (Корбушинского) пруда, в местности, имеющей историческое название "Исаковская роща". В прошлом Черниговский скит обычно называли "Пещеры", а в официальных документах - "Пещерное отделение Гефсиманского скита". Начало Черниговского скита принято относить к 1847 г., когда известный на Москве юродивый Филиппушка принятый митрополитом Филаретом на жительство в лавру, переселившись из лаврского Гефсиманского скита в Исаковскую рощу, принялся копать там пещеры. В подземном пещерном храме нам провёл экскурсию послушник брат Стахий.